Pochodził ze szlacheckiej rodziny portugalskiej. Urodził się w 1556 roku. Wychowany był w rodzinie katolickiej. Od dziecka pragnął naśladować swojego wuja, który jako kapłan poniósł śmierć męczeńską na misjach Japonii. Od  dziecka czytał życiorysy świętych zwłaszcza męczenników. W wieku 20 lat wstąpił do Towarzystwa Jezusowego z wyraźnym pragnieniem pracy na misjach. W 1592 roku został wysłany do Indii. W Makao ukończył studia i przyjął święcenia kapłańskie. Pracę na misjach rozpoczął jako wykładowca w seminarium. Terenem jego pracy misyjnej było Makao i Japonia. Z powodu prześladowań zmieniał miejsce pobytu, posługi i nazwisko, często w przebraniu, w ukryciu sprawował posługę kapłańską. W czasie prześladowania 18 grudnia 1625 roku wydał go chrześcijanin, który zaparł się wiary, wraz z nim aresztowano gospodarzy u których się ukrywał, sąsiadów i jeszcze kilka osób. Ks. Franciszek w więzieniu prowadził modlitwy, kilku młodych mężczyzn przyjął do Zgromadzenia Księży Jezuitów. Kiedy przyprowadzono ich na wzgórze opodal miasta Nagasaki w Japonii uklękli i ucałowali pale do których mieli być przywiązani, a pod którymi były przygotowane stosy drewna. Dopóki tylko mogli śpiewali psalmy i wzywali imienia Pana Jezusa i Matki Bożej.

            Ziemskie życie ks. Franciszka zakończyło się 20 czerwca 1626 roku. Wraz z nim spalono żywcem jeszcze 8 chrześcijan. Zginął dlatego, że był kapłanem katolickim i wyznawał wiarę w Pana Jezusa. Miał 70 lat, 34 lata posługiwał jako misjonarz na Dalekim Wschodzie.

            Beatyfikowany był 7 lipca 1867 roku.