Urodził się 9 kwietnia 1911 roku w Burgos w Hiszpanii, w pobożnej rodzinie arystokratycznej. Jego ojciec był inżynierem leśnictwa, matka - publicystką, krytykiem muzycznym dla kilku gazet. Był najstarszym synem, miał jeszcze trzech braci. Od dzieciństwa był chorowitym dzieckiem. Wykształcenie średnie zdobył w szkołach jezuickich, ukończył je z wyróżnieniem. Trakcie nauki rozwijał też swoje zdolności muzyczne i plastyczne. Zaprojektował min. witraże do kaplicy w posiadłości swojego wuja. To on opowiedział mu o klasztorze trapistów, wtedy pierwszy raz zainteresował się Zakonem OO. Trapistów, którzy żyją wg. bardzo surowej reguły. Przerwał studia na wydziale architektury na uniwersytecie w Madrycie, po odbyciu służby wojskowej, w styczniu 1934 roku, w wieku 23 lat wstąpił do klasztoru trapistów św. Izydora de Dueñas. Z radością rozpoczął formację w zakonie. Trzykrotnie opuszczał wspólnotę zakonną z powodu rozwijającej się cukrzycy. Do klasztoru powrócił 15 grudnia 1937 roku, złożył śluby zakonne i otrzymał biały mnisi habit – bardzo się z tego cieszył. Zapisał: „wieczyste śluby na zawsze, na zawsze!” Cukrzyca niszczyła jego organizm. 21 kwietnia 1938 roku odwiedził go w klasztorze, po raz ostatni ojciec, zmarł trzy dni później w wieku 27 lat.
Cechą charakterystyczną jego duchowości było pragnienie współuczestnictwa w tajemnicy Krzyża przez cierpienie, utożsamienie się z Ukrzyżowanym, głębokie życie modlitwy i obcowanie z Chrystusem w Eucharystii. Był wierny swojemu powołaniu, nawet choroba w tym nie przeszkodziła.
Jan Paweł II 27 września 1992 roku, w czasie jego beatyfikacji mówił o nim: „Pragnienie życia wiecznego zrealizował w swoim krótkim, ale intensywnym życiu w klasztorze trapistów. Zwłaszcza dla ludzi młodych stał się przykładem pełnej miłości i bezwarunkowej odpowiedzi na Boże wezwanie. «Tylko Bóg!» – powtarzał często w swoich pismach duchowych.” Papież dał go jako wzór wierności powołaniu.
Benedykt XVI 11 października 2009 roku podczas kanonizacji mówił: „Pochodził z rodziny zamożnej i — jak sam mówił — «był z usposobienia marzycielem», jednakże nie rezygnował ze swoich marzeń z powodu przywiązania do dóbr materialnych czy innych spraw, jakie życie świata podsuwa niekiedy z wielką natarczywością. Na wezwanie do naśladowania Jezusa odpowiedział «tak» natychmiast i zdecydowanie, bez zastrzeżeń i stawiania warunków. W ten sposób wszedł na drogę, która od chwili, kiedy w klasztorze uświadomił sobie, że «nie umie się modlić», w ciągu niewielu lat doprowadziła go na szczyty życia duchowego, o czym opowiada z wielką szczerością i prostotą w licznych pismach. Br. Rafał jest wciąż nam bliski, wskazuje przez swój przykład i swoją działalność atrakcyjną drogę, zwłaszcza młodym ludziom, którzy nie zadowalają się tym, co małe, ale dążą do pełnej prawdy, do najbardziej niewypowiedzianej radości, które osiąga się przez miłość Boga. «Życie miłością... Ona jest jedyną racją życia» — mówi nowy święty. I podkreśla: «Z miłości Boga pochodzi wszystko». Oby Pan wysłuchał łaskawie jednej z ostatnich próśb św. Rafała Arnaiza, w której oddawał Mu całe swe życie, prosząc: «Weź mnie, a Ty daj siebie światu». Oby się dał, aby ożywić duchowe życie dzisiejszych chrześcijan! Oby się dał, ażeby bracia z zakonu trapistów i ośrodków monastycznych nadal byli światłem, pozwalającym odkryć głębokie pragnienie Boga, jakie On wpisał w każde ludzkie serce.”
Św. Jan Paweł II podczas Światowych Dni Młodzieży w Santiago de Compostela, powiedział: „Bł. Rafał swym krótkim, ale intensywnym życiem mnicha - trapisty- stał się przykładem - w szczególności dla ludzi młodych — bezwarunkowej, pełnej miłości odpowiedzi na powołanie Boże. <Tylko Bóg>, powtarzał często w swych zapiskach duchowych. Jego życie niech będzie dla wszystkich dusz powołanych do życia kontemplacyjnego przykładem wierności! (<Pan króluje na wieki, Bóg twój, Syjonie – przez pokolenia> Ps 146, 10) to specjalne przesłanie, które przynosi nam bł. Rafał, który w kontemplacji Boga odnalazł i zrealizował pełnię powołania swego życia.”
Modlitwa św. Brata Rafała:
„Ach Panie Jezu,
jak bardzo Cię kocham!
Gdybym tysiąc razy żyć miał,
tysiąc razy Tobie bym je dał!
Z Twoją Bożą łaską
i pomocą Maryi
gotowy jestem na wszystko.
Panie, Tobie chwała!”
