Urodził się 20 maja 1907 roku w St. Radegund w Górnej Austrii, ochrzczono go następnego dnia. Rodzice Rozalia Huber i Franciszek Bachmeier byli służącymi, zbyt biednymi by założyć rodzinę. Wychowywała go babka Elżbieta Huber – silna, ciepła i religijna. W wieku 9 lat trafił do bogatszych dziadków ze strony ojca. W 1917 roku jego matka wyszła za mąż za Henryka Jägerstätter’a, adoptował on Franciszka i przekazał mu gospodarstwo. Małżeństwo było bezdzietne. Matka Franciszka cierpiała z powodu nieumiejętności nawiązania serdecznej relacji z dorastającym synem, pijaństwa męża, jego niegospodarności. Franciszek, mimo, że dużo się uczył, osiągał słabe wyniki w nauce. Lubił życie towarzyskie, był wesoły, dbał o swój wygląd.
Prawdopodobnie z powodu konfliktu z sąsiadem o dziewczynę, wyjechał z wioski na trzy lata. Za zapracowane pieniądze kupił motocykl – pierwszy we wsi. W środowisku robotniczym zachwycił się na krótko ateizmem, materialistyczną wizją świata, to doświadczenie jednak umocniło go w wierze. Po kilku latach w liście dzielił się refleksjami ze swoim chrześniakiem; pisał o wierze i życiu wg zasad wiary: „Od śmierci Chrystusa prawie w każdym stuleciu dochodziło do prześladowań chrześcijan i zawsze znajdowali się wśród nich bohaterowie i męczennicy, którzy dla Chrystusa i swojej wiary oddawali w ofierze swoje życie, często pośród najstraszliwszych kaźni. Jeśli chcemy kiedyś osiągnąć nasz cel, musimy również stać się bohaterami w wierze, ponieważ dopóty bardziej boimy się ludzi niż Boga, dopóki niczego nie osiągniemy”.
W1933 roku urodziła się jego córka Hildegarda. Do końca życia bardzo ją kochał i troszczył się o nią.
Po sześciu miesiącach znajomości 9 kwietnia (we Wielki Czwartek) 1936 roku o godz. 6.30 poślubił Franciszkę i zaraz wyjechali w podróż poślubną do Rzymu, nie było to zgodne z miejscowym zwyczajem. Rozumieli się bardzo dobrze, pomagali sobie we wzroście duchowym, byli dla siebie oparciem, kochali się coraz dojrzalej. Gdy sąsiadki chciały małżonce opowiadać o młodości męża, odpowiadała: nie jestem ciekawa. Byli rodzicami trzech córek.
W maju 1940 roku kilka tygodni, a później od października 1940 do kwietnia 1941 roku służył Wehrmachcie, zwolniono go, gdyż był jedynym żywicielem rodziny. Po powrocie pracował w gospodarstwie, był także zakrystianinem, pogłębiał życie duchowe, dużo się modlił, pościł sześć dni w tygodniu, dyskretnie pomagał innym.
W czasie służby wojskowej dojrzało w nim przekonanie, że narodowy socjalizm jest sprzeczny z chrześcijaństwem i do wojska już nie wróci. Pytał: „Czy istnieje coś gorszego od mordowania i rabowania innych ludzi broniących własnej ojczyzny. W dodatku jedynie po to, aby przyczynić się do zwycięstwa antyreligijnej władzy?” Wiedział, że służba narodowemu socjalizmowi i dążenie (przez czynną służbę wojskową) do tego, by ten system zwyciężył jest grzechem – tak mówiło mu sumienie. Swoimi przemyśleniami dzielił się z przyjaciółmi w listach, rozmowach, nie był jednak rozumiany, nawet przez duchownych, jedynym jego oparciem była żona.
23 lutego 1943 roku wezwano go do Wehrmachtu. Rozstanie z Franciszką było bardzo bolesne. Listy z więzienia odzwierciedlają jego dojrzałość duchową, (przejawiającą się też w tym, że nie opisywał cierpień i szykan), wielkie zaufanie Panu Bogu, miłość do rodziny, ale też walkę duchową.
W Berlinie 6 lipca 1943 roku zapadł wyrok śmierci: za osłabienie siły zbrojnej państwa. Zginął przez ścięcie gilotyną 9 sierpnia 1943 roku w Brandendurgu. Ks. Albert Jochmann obecny przy śmierci zaświadczył: „To jest największy święty, jakiego spotkałem podczas mojej pracy duszpasterskiej”.
Abp Thomas Roberts SJ omawiając w czasie obrad Soboru Watykańskiego II postawę Jägerstätter’a, przyczynił się do wprowadzenia zapisu o odmowie służby wojskowej, ze względu na sumienie (Konstytucja duszpasterska o Kościele w świecie współczesnym 79).
W 1997 roku Sąd Krajowy w Berlinie anulował wyrok, uzasadniając, że ten, kto sprzeciwia się przestępcom sam nie może być przestępcą.
26 października 2007 roku w Linzu odbyła się beatyfikacja, uczestniczyła w niej żona i cztery jego córki.
Jest patronem osób odmawiających odbycia obowiązkowej służby wojskowej z powodów religijnych.
Życie bł. Franciszka, który nie ugiął się przed Hitlerem, a był wierny Panu Bogu przedstawia książka: Erna Putz, Boży Dezerter, Warszawa 2008.
Modlitwa:
Dobry Boże, Ty napełniłeś błogosławionego męczennika i ojca rodziny Franciszka Jägerstätter'a wielką miłością do Ciebie, swoich najbliższych i wszystkich ludzi. W czasach przemocy oraz polityki poniżającej ludzką godność zachował on prawość sumienia i jasny osąd. Ty obdarzyłeś go łaską przeciwstawienia się złu.
Dzięki więzi z Twoim Synem i wierności własnemu sumieniu wypowiedział zdecydowane nie wobec świata zaprzeczającego Twojemu istnieniu, wobec deptania ludzkiej godności i wobec niesprawiedliwości wojny. Ufając Tobie poświęcił własne życie, ponieważ ukochał Cię ponad wszystko.
Mocą Twojego Ducha oraz za wstawiennictwem błogosławionego Franciszka umacniaj w nas miłość do Ciebie i do naszych bliźnich. Pomóż nam angażować się na rzecz sprawiedliwości, pokoju oraz ludzkiej godności, prosimy Cię o to przez Chrystusa, Pana naszego. Amen.
